（一）公司负债风险
股权转让合同中，受让方最关心的应该是目标公司的负债问题。在实践中，股份出让方的债务以资产担保之债居多，同时还存在未决的诉讼和仲裁纠纷，以及知识产权侵权、产品质量侵权责任，以及可能或即将发生的公司与高级管理人员和技术骨干之间的劳资纠纷等。对于上述既有负债或潜在债务，股份出让方有的是知道的或应当知道的，有的是不知道或无法预计何时发生的。因此，处理原则和办法也是不同的。
（二）债务转让法律风险
1、既有债务转让中的法律风险
受让人需要全面了解既有债务的数额，是否设定了担保，利率以违约责任，债权人有无限制权利要求等，此类债务是否为不良债务等。对上述问题的考察，能使受让人在谈判中获得主动，并影响到交易的价格和受让后风险负担的大小，必须予以高度重视。
2、隐性债务转让中的法律风险
对于无法预计的负债，如果在股权转让协议预定的期限内发生，并且发生实际权利人的追索，该类责任或风险首先应当由目标公司承担，由此引发的股份转让的风险负担应当由股份转让协议约定。因此，有关债务承担问题应列入风险负担条款予以约定。受让方所争取的是与出让方划清责任，要求在正式交割前的所有负债，不管是故意还是过失，均由出让方承担。但是要注意到，股权的转移并不影响到债权人追索的对象，受让方在成为目标公司股东后，仍然需要清偿该债务，再根据股权转让合同向出让方追偿。
另一方面，这也涉及到债权人利益的保护问题。如果股权转让导致公司合并或分立，应按照法定的通知时限要求通知有关的债权人，合并或分立后的债务由存续公司承担或按照协议承担。
3、隐瞒债务转让中的法律风险
对于出让方故意隐瞒真相，没有真实、全面、及时地向受让方批露既有负债或潜在负债的，属于违反信息批露义务的行为，违反了出让方有关公司债务的陈述与保证义务。当发生债务追索时，将严重影响受让方的股份转让合同的利益和预期的收益。