企业转让股权很常见，涉及的税种其实并不多，只有企业所得税和印花税。但咨询的人还是比较多的，其中的涉税风险也不少，今天我们来看看一般性处理下的股权转让有哪些常见风险和问题。企业所得税常见风险及问题常见风险
1、未计收入股权转让收入属于财产转让收入，无论金额大小均应一次性计入确认收入的年度计算缴纳企业所得税，实务中，经常有企业会通过挂往来账户的方式不计入年度收入。2、收入确认年度有误国税函〔2010〕79号规定，企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。实务中，经常有企业是以实际收到股权转让款来确认收入实现。3，转让价格偏低股权转让收入按照公平交易原则确定，如果纳税人申报的股权转让价明显偏低，又无正当理由的，税务机关有权核定其应纳税额。关联方之间转让，符合独立交易原则，不按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用，而减少其应纳税的收入或者所得额的，税务机关有权进行合理调整。通常情况下，股权转让价格会参考被投资单位净资产价值。4、股权的计税成本可能和会计账面成本不一致。？根据《企业所得税法实施条例》的规定，股权转让投资成本以历史成本为计税基础。即企业取得该项资产时实际发生的支出。不同取得方式，确认成本方式不同，通过支付现金方式取得的投资资产，以购买价款为成本。以支付现金以外的方式取得的投资资产，以该资产的公允价值和支付的相关税费为成本。企业持有各项资产期间资产增值或者减值，除国务院财政、税务主管部门规定可以确认损益外，不得调整该资产的计税基础。而会计核算中，对于长期股权投资在不同的情形下核算方式不同，此处很可能会产生税会差异，造成股权成本扣除不准确。
常见问题1、问：关于多次取得同一被投资企业股权部分转让后的成本扣除问题
答：企业多次取得同一被投资企业股权在部分转让时，可以分清转让股权类别的按个别计价法确定转让部分的股权，投资成本不能区分的按照加权平均方法，确定转让部分的股权投资成本，一经确认在一个纳税年度内不得改变。（天津市税务局，2021-03-11）2、问：未实际出资部分股权转让成本如何确认？
答：在现行认缴制下，股东未实际出资，也仍然可以注册成立公司，并拥有股权，同样，也可以转让其持有的股权，成本如何确定？《企业所得税法实施条例》明确，支付现金方式取得的投资资产，以购买价款为成本，支付现金以外的方式取得的投资资产，以该资产的公允价值和支付的相关税费为成本。对于未实际出资的，相当于实际支付价款为0元，其转让成本为0，也就是不得扣除成本。印花税常见风险及问题股权所有权转移，适用“产权转移书据”税目，按所载金额的万分之五贴花。转让双方均需缴纳印花税。常见风险：因为疏忽，不缴或少缴印花税。
常见问题：1、股权无偿划转，印花税是否缴纳？
根据《印花税暂行条例施行细则》第十八条规定，按金额比例贴花的应税凭证，未标明金额的，应按照凭证所载数量及国家牌价计算金额；没有国家牌价的，按市场价格计算金额，然后按规定税率计算应纳税额。因此，股权无偿划转，股权本身是有价格的，无偿划转属于未标明金额的，应按市场价格为所载金额的万分之五贴花，通常市场价格参考被投资企业账面净资产衡量股权价格。2、股权转让以评估价还是以股东作价为印花税计税依据？产权转移书据应按所载金额的万分之五贴花。应以股权双方协议的实际支付价款或报酬作为计税依据，而非评估价。