情况一
甲企业将持有的上市公司股权进行转让，是否需要缴纳增值税？
答复：
需要缴纳增值税。
参考：
《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）：附件2：营业税改征增值税试点有关事项一、营改增试点期间，试点纳税人［指按照《营业税改征增值税试点实施办法》（以下称《试点实施办法》）缴纳增值税的纳税人］有关政策(三)销售额。
3.金融商品转让，按照卖出价扣除买入价后的余额为销售额。
转让金融商品出现的正负差，按盈亏相抵后的余额为销售额。
若相抵后出现负差，可结转下一纳税期与下期转让金融商品销售额相抵，但年末时仍出现负差的，不得转入下一个会计年度。
金融商品的买入价，可以选择按照加权平均法或者移动加权平均法进行核算，选择后36个月内不得变更。金融商品转让，不得开具增值税专用发票。
情况二
甲企业将持有的非上市公司股权进行转让，是否需要缴纳增值税？
答复：
不需要缴纳增值税。非上市公司转让股权，不属于增值税征收范围。
参考：
《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）4.金融商品转让。金融商品转让，是指转让外汇、有价证券、非货物期货和其他金融商品所有权的业务活动。其他金融商品转让包括基金、信托、理财产品等各类资产管理产品和各种金融衍生品的转让。
情况三
甲企业将持有的一家挂牌新三板企业的股权对外转让，是否需要缴纳增值税？
答复：
不需要缴纳增值税。转让新三板企业股权属于非上市公司股权转让，暂不征收增值税。
参考：
原厦门国税2018年发布的《12366营改增热点问题（二十九）》第一问“转让新三板的股权是否缴纳增值税？”答复如下，新三板市场属于全国性的非上市股份有限公司的股权交易平台，目前交易形式有协议转让和做市交易，两者在流动性上存在一定的差异。在总局进一步明确前，视为股权转让，暂不征收增值税。
情况四
甲自然人将持有的一家上市企业的股权对外转让，是否需要缴纳增值税？
答复：
不需要缴纳增值税。个人转让上市公司（主板、中小板、创业板、科创板）免征增值税。
参考：
根据《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件3营业税改征增值税试点过渡政策的规定：“一、下列项目免征增值税
（二十二）下列金融商品转让收入。
1.合格境外投资者（QFII）委托境内公司在我国从事证券买卖业务。
2.香港市场投资者（包括单位和个人）通过沪港通买卖上海证券交易所上市A股。
3.对香港市场投资者（包括单位和个人）通过基金互认买卖内地基金份额。
4.证券投资基金（封闭式证券投资基金，开放式证券投资基金）管理人运用基金买卖股票、债券。
5.个人从事金融商品转让业务。